Святая Троица - это три разных Личности. Но в церкви на богослужении я теряюсь: мы молимся троим вместе? Или каждому в отдельности?
Не надо теряться: надо внимательно следить за богослужением, лучше всего по печатному тексту. Издано множество пособий и молитвословов, которые помогают прихожанам молиться в храме по ходу службы.
Тогда вы увидите, что некоторые молитвы в самом деле обращены ко Пресвятой Троице, но большинство - к кому-либо из Божествнных Лиц. Так, например, всем знакомая стихира "Царю Небесный", с которой начинаются многие молитвословия, - это молитва Святому Духу ("Духу истины").
Особенно же важно усвоить, что Божественная Литургия, за исключением нескольких отдельных молитв, обращена к Богу-Отцу. К сожалению, пение хора часто заглушает молитвы Литургии, поэтому надо следить за ними по новым, более полным изданиям для прихожан.